中共参政员到底没有出席二届一次参政会，蒋介石也并没有实行“根本决裂”。但是，由于受到党内的压力，蒋在会议召开之初就秘密召集国民党参政员，向他们解释说：国共最终总要分家的，对此用不着担心，单从军事上，三个月就可以消灭共产党，问题是目前还不是时候，目前政治上还只能是防御。[111]当然，在公开场合，蒋的讲法又是一样。他在3月6日的参政会上一边公开批评中共所提两个十二条都是“信口雌黄，颠倒黑白”，声称军事早已国家化，中共不应将八路军、新四军视为“一党所私有的军队”，一边重申剿灭新四军并非“剿共”，他不仅“决不忍再见所谓‘剿共’的军事，更不忍以后再有此种‘剿共’之不祥名词留于中国历史之中”。因此，他恳切希望中共能本着“兄弟阋于墙，外御其侮”的精神，与国人“精诚团结，共赴国难”。[112]重庆国民党的《中央日报》这时的社论也同样保证说：“只要中共不脱离抗战阵线，事件不致扩大，而剿共事实亦不至发生”。[113]

对于蒋之演说与参政会通过之涉及中共军队及政权问题的提案，周恩来肯定其仍为防御性的，毛泽东则称其为“阿Ｑ主义，骂我一顿，他有面子，却借此收兵，选举（董）必武为常驻参政会员及近日西安放人，似是这种收兵的表现”。然而，蒋既然仍是一打一拉的两面政策，毛亦主张继续其一打一拉的两面政策，把这种拉锯式的斗争继续下去，“直到我们的临时办法各条实际上被承认（主要是扩军、防地、《新华日报》及路上少捉人）。”[114]

蒋介石在参政会上的讲演和毛泽东随后的指示，再清楚不过地表明国共两党这时都在设法缓和。而尤为引人注目的是，毛前此所说的以半年为期“解决善后条件”，中心盘子已由两个十二条，减少到同意扩编军队、维持现有防地、保证《新华日报》正常发行，和不得在进出边区的交通线上随意捕人这四点。由于避开了蒋介石极为敏感的皖南事变善后及17日令等问题，双方之间的交涉明显地变得容易了许多。14日，蒋介石与周恩来的谈话中，也不再提起中共军队北移问题了，明确讲：“只要听命令，一切都好说，军队多点，饷要多点，好说”。至于不得压迫《新华日报》，以及释放前此扣留的进入边区的中共有关人员和发放通行护照等事，蒋都满口答应下来。据此，周提出：可否先解决这些小问题？毛当即表示同意。至4月26日，毛更明确指示周恩来说：可以向蒋“表示我党愿意同国民党继续团结抗日，惟望国民党改变对内政策，并对八路发饷，合理解决新四军问题。”[115]

至此，因皖南事变引起之两党全面对抗局面，至少在形式上算是告一段落了。尽管此后中共一度又提到新四军问题，但仍只限于要求同意整编其“余部”及给予经费方面，再未提出取消蒋令及释放所有人员枪弹等问题。[116]5月日军进攻中条山，蒋介石要求八路军出动配合作战，不论八路军最终是否进行了配合，中共中央指示八路军加以配合仍属事实。至11月参政会二届二次会议召开之际，中共方面甚至更将条件降低到只要“放叶发饷”做到一件即可参加。[117]最后，国民党一件未做，中共权衡利弊还是派董必武和邓颖超参加了这次会议。这意味着，皖南事变之“善后”工作已不复存在，国共两党因为事变所引起的破裂危险，业已消弥于无形之中了。

不过，皖南事变所引起的国共党关系的重大改变，却不是两党形式上的这种妥协所能消弥的。国民党虽然不顾一切地消灭了7000新四军并宣布撤销了它的番号，但新四军照样存在，并且所占地区及兵力越发扩展与壮大，其在新四军范围内的国民党军队反而一一被驱逐或消灭，国民党其实一无所得。更为重要的是，皖南事变根本破裂了两党之间的感情联系。从蒋介石在参政会密示国民党参政员国共一定要分裂，和国民党军委会办公厅3月18日发布的改“某党”为“奸党”令[118]等事实看，国民党在事变后显然已经正式决定把中共视同“汉奸”，形势许可时必欲“剿灭”。同样，从前述毛泽东对蒋介石的判断，和中共中央所作出的有关决定看，中共方面对与国民党真诚合作，也不再抱有任何幻想。于是，皖南事变自然成了抗战期间国共关系逆转的一道分水岭。事变前，中共军队虽然已经在独立指挥、自行发展，但它仍旧隶属于国民政府之下，至少名义上仍随时呈报并请领军费补充，形式上仍旧使用着统一的货币和遵守着统一的政令法令。国共之间军事上的磨擦冲突也仍可通过正常途径反映或协商。因此蒋之命令或要求，一般总还具有一定的约束力。事变之后，国民政府断绝对中共军队的一切供给与补充，切断了自己与中共军队的一切关系，结果反使自己威信扫地。中共政权与军队从此断绝与国民政府之间的一切上下级关系，自设银行，自发货币，自定法规法令，自行其事，完全脱离国民政府而自行存在，蒋也失去一切命令之权。从此调和两党关系之困难，也就可想而知了。

当然，抗战期间的国共关系也仍旧是受着抗日战争的大形势制约的。即不论国共两党利害关系有多大的不同，国民党如何看不起中共的武装，中共如何看不上国民党，它们最终还是要暂时将自身的利益服从抗日的利益需要。因此，即使国民党内相当一部分领导人早就心存“剿灭”中共的想法，但无论事变前，还是事变后，他们最终都不能不在权衡利弊后，把自己的行动保持在有限的范围之内。同样，中共在遭受了重大损失之后，它本可采取更加激烈的对策，其党内领导人总还是不能不顾及到国民党继续抗日这个事实，因而极力地限制自己实施报复政策的烈度和实行对抗政策的范围。由此可知，在抗战期间，民族矛盾终究是高于两党之间的矛盾的。国共两党不论闹到何种地步，终归还是要走向妥协。