11月初，中共中央已经做出决定，拒绝国民党“中央提示案”的其他北移要求，惟皖南方面“答应北移”。[31]这也就是说，皖南新四军北移已成定局。因此，从11月开始，新四军军部就在认真考虑北移方案问题了。而当时情况下，最理想的方案就是走东线，即向东经苏南然后北渡长江，与江北新四军会合。这一方案最初也征得了第三战区的同意，当月皖南新四军军部就派出北移先遣队1700人，经过国民党军五十二师和一0八师驻地，由苏南实现了北渡。

但是，蒋介石国民党允许皖南新四军从苏南北渡苏北，并非想要两支新四军合为一股，扩大其在江北的根据地，而是想要让新四军军部过长江后，下一步与江北的新四军按照前令，于1月底全部从苏北向北移过旧黄河河道。此前10月间新四军江北陈毅部对江苏省主席韩德勤部发动黄桥战役，重创了国民党坚持苏北敌后的主力，已经极大地刺激了蒋介石和国民党军事高层领导人。只因蒋寄希望于江北新四军仍能遵命限期北上，新四军打的又不是中央军，故他对黄桥战役没有做出强烈反应，且未禁止皖南新四军继续走东线。不意，11月底至12月上旬，由于错估了蒋介石的态度，毛泽东批准了江北新四军发起曹甸战役，试图根本消灭苏北韩德勤部。[32]战役刚一打响，何应钦就于12月3日提议，皖南新四军不能再走苏南北渡，“只准由江南原地北渡，或另予规定路线，以免该部直接参加对韩德勤部之攻击。”[33]蒋随即也于10日批准了何的提议，并转令顾祝同要叶挺遵命原地北渡或由顾另择路线。因顾并无其他路线可供选择，故只能要求皖南新四军就地于铜陵、繁昌间渡江，经皖北北上。

既然要新四军军部改走北线，即经铜繁间直接北渡，纯粹是曹甸战役的刺激所促成，说其中含有重大阴谋，自然难以成立。[34]皖北这时在桂系李品仙部的控制下，与新四军的关系较为紧张。沿江又有日军封锁，原地北渡确有相当危险。不允许新四军走东线，而要其走北线，这自然极大地增加了新四军北移的难度。白崇禧在1940年10－11月间也确曾有密电给李品仙，李部这期间也确曾做过防堵新四军北渡的军事部署。但必须注意的是，这段时间里蒋介石及第三战区指定的北移路线是走苏南去苏北，而非走铜繁去皖北。桂系军队害怕新四军军部直接北渡，与其境内新四军合股，造成类似黄桥事件那样强弱易手的严峻局面，因而一度必欲乘新四军“渡江立足未定而击灭之”[35]，亦可想而知。问题在于，12月10日蒋下令改变新四军军部的北移路线之后，这种部署即未再出现。根据蒋、顾12日和15日要求第二十一集团军“对匪应暂行停止攻击”，“暂取守势”的命令，李品仙不仅开始通知各师：“饬知新四军开赴河北作战，仰各团政工人员会同当地党部切实宣传毋使潜滋”，而且明令相关各师做出相应部署了。[36]当然，“暂取守势”，并非不做进剿准备。依据蒋令，李品仙亦于28日，即第三十二集团军在徽州召开秘密军事会议的第二天，做出决定称：“如十八集团军及新四军不遵中央命令，延留滋扰，则进出淮南路以东地区廓清之”。[37]

事实上，即使深恐部队遭受围歼的项英，在得到蒋下令改走北线的消息时，虽猜来猜去，也没有怀疑过蒋、顾有所谓“诱歼”的阴谋，只是怀疑李品仙会否放弃过去的防堵部署而不让新四军渡江。他得到改变路线的消息后，先是担心“李品仙在江北布防堵截，皖南顽军复暗中包围，阻我交通，南岸须通过敌人封锁线，江中须避敌艇袭击，非假以时日分批北渡则不能渡，（届时）势将进返两难”。而后则怀疑国民党是否“故意使我不能北渡”，或“使（我）在北渡中遭敌歼灭”？其后则猜测“近顾忽令我军改道，而桂李在江北之军事布置，皖南顽军之暗中调动，对我包围、阻我交通，并故意对弹药遣散费之推诿，如此情形，是否彼等有意阻难我们，而便于进攻江北，然后可再借口对付皖南”？且顾虑由云岭军部驻地到江边，必须穿过日军封锁线，部队“有被截断或遭腰击之危险”。总之都还没有想到会遭遇国民党军诱歼或伏击的可能。[38]

毛泽东并非不知道皖南新四军北移困难重重，但他开始时也深信蒋、顾不会阻碍。他在给项英的电报中明确讲：“蒋介石为使我军移动不生变化起见，确已命令顾祝同通知各军加以协助，故阻碍是不会的”。直到12月中旬以后，他才感到问题严重，开始催促叶、项要迅速北移。到12月下旬毛虽一度想要拿皖南再缓移一个月来要挟国民党，但在得到周恩来26日关于与蒋谈话的通报之后，已不再迟移，而是严令叶、项迅速北移了。[39]不过，皖南新四军北移路线的选择也并非就是项英独断专行的结果，毛泽东和中共中央也还是起了相当作用的。

到1940年12月底，新四军领导人中对北移路线仍有争论。实际上叶挺就仍然认为部队分别走铜繁和苏南北渡更稳妥，因为只要能够争取到顾祝同同意部分队伍，如一个团经苏南北渡，万一铜繁北渡遭遇日军拦截，即可名正言顺地要求分批走苏南。这也是叶挺1月2日还在致电顾祝同，商量分地北渡，并强调原地北渡“万不可能时，仍恳准予转经苏南”的一个原因。[40]

正因为存在争论，中共中央本身在这个问题上也没有确定的意见。毛泽东在12月27日的电报中就肯定过直接北渡的方案，只是强调叶、项在渡江时“仍须对桂军戒备，以防袭击”。[41]故28日新四军军分会开会，也仍旧做出了基本依照蒋令走北线，即大部队直接渡江去皖东北的决定。对此，毛泽东在次日的复电中更是明确表示同意。电称：“（一）同意直接移皖东分批渡江，一部分资材经苏南。（二）头几批可派得力干部率领，希夷（即叶挺－引者注）可随中间几批渡江，项英行动中央另有指示。”[42]然而，重庆的周恩来对此颇感担忧，认为“分地北渡有危险性”，而寄希望于蒋桂皖北让路，恐做不到，因据情报“李品仙已在布置袭击我的阴谋”，故仍以“分批走苏南为好”。毛泽东和中共中央显然认可了周恩来的意见，并于30日再电叶、项要其考虑。鉴于这种情况，也考虑到蒋介石和顾祝同有明令禁止直接走苏南，重新申请时间上也来不及，项英等最终不能不决定改走南线，即经茂林绕道三溪，转至天目山脚下，避过堵在东去苏南路线上的国民党五十二师和一0八师驻地，向南绕道经苏南北渡。[43]