得罪苏联，已准备全部破裂的开始……要挽救时局，实现好转，必须取消十七日国民党的谈话，不取消这种文件，我们决不能与蒋及军事委员会有公文来往。自蒋十七日发表公开破裂文件后，表示蒋首先破裂，因此一切同情与理由都在我们方面，皖南失败的代价是值得的。”据此，毛泽东当天致电周恩来、刘少奇等称：“蒋介石已将我们推到和他完全对立的地位，一切已无话可说。”“现在这样的国共关系，已对我们、对革命没有任何利益，并且破裂是蒋发动的，对我们甚为有利。”[75]中央书记处并再度要求“恩来、剑英、必武、颖超及办事处、报馆重要干部于最短期间离渝。”[76]

又经过几天的慎密观察，中共中央于23日再度召集政治局会议，毛泽东进一步得出结论称：一周以来的种种事实都证实，中日实际上已经休战，不议而和，全国破裂已经开始。“我们与蒋合作已经没有好处，对我们没有好处，对蒋因日本停止进攻，也没有好处，因此这种合作已无存在之可能。”“如果日军与国民党反共军配合，那我党有很大危险，将会受到损失。”在当天给刘少奇的电报中，毛泽东更清楚地说明了他对事变性质和后果的看法。他写道：“蒋介石一月十七日命令是全国性突然事变的开始，是全面投降与全面破裂的开始，我们在十二月十七日以前的估计不适用了。”[77]

中共中央的形势估计和应对方针，这时遇到的最大问题是与莫斯科方面认识不同。

莫斯科对皖南事变的发生，亦深感不安。尽管国民党方面及时地通知了苏联大使，皖南事变仅为地方性事件，不会影响到国共两党关系，但仅据蒋介石日记，从1月17日军委会发言人宣布新四军为叛逆，并取消其番号之后，苏联驻华军事总顾问、驻华大使，就频频造访，对国民党的做法提出种种批评，弄得蒋不胜其烦。而苏联外交人民委员更以拒绝出席国民政府驻苏大使宴会的方式，显示了苏方的强烈不满。[78]据周恩来报告称，苏联驻华武官兼军事总顾问崔可夫刚一得到事变发生的消息，就秘密会见了周恩来和叶剑英，提议“皖南主力应坚持北上，另在江南地区视情况约留一小部干部和武装，埋伏在民间。如国民党质问时，（可）作为此次被包围攻击后的散兵。”“到江北后国民党将继续迫你们北上，那时可以答复他，鉴于皖南事件，如要继续北上，必须先将江苏境内国军全数离开江苏，应求得安全北上的保障。这样仍能拖延。”考虑到国共内战可能爆发，他特地请中共中央“迅速调查兰州到延安间各种情况（道路、碉堡、驻军、民众、粮食等）”，包括西北五马及傅作义部的情况，以备万一援助之需。并称：“国民党如继续内战，余有权暂时停止援华军火于哈密途中。”[79]

但是，莫斯科并不赞成毛泽东对形势的估计和所设想的对抗措施。还在事变爆发前夕，即1941年1月4日，共产国际总书记季米特洛夫就曾针对毛泽东对国民党的激烈态度，在电报中提醒过他：“不该将破裂作为出发点”。[80]事变的发生，使毛泽东相信自己以前的估计和态度并没有错，错的其实是莫斯科。再加上他15日给共产国际去电后，莫斯科方面一直没有回复，因此，他更加坚信自己的判断没有错，故一再向党内各领导人强烈地表示对莫斯科的不满。刚一得知新四军全军覆灭的消息，他就愤然致电周恩来，要周质问苏联驻华武官兼军事总顾问崔可夫：“蒋介石无法无天至此，请问崔可夫如何办？”但苏联大使和武官都表示，目前局势须有全局的观察和布置，尤其要从各方面探查，蒋介石是不是与日本有秘密联络，或有新的谈判。要判断蒋是否有意破裂，不仅要注意华中国民党军，也要注意胡宗南或其他方面的国民党军的动向。虽然必须积极加强军事准备，但“今天的工作中心，仍是求得抗战继续。”[81]但毛泽东仍坚持蒋就是蓄意破裂。20日，他在电报中干脆告诉各方领导人说：现在的“问题是远方的政策与我们所想的相左，三个月来几经往复，尚未解决”。[82]23日政治局会后，毛泽东更是尖锐地批评苏联继续寄希望于国民党的做法。他明确地告诉周恩来：“朋友们的意见是错误的，请对朋友们说，蒋介石一月十七日命令是中国全国性突然事变的开始，是全面投降全面破裂的开始，要他们停止接济，准备后事，不然要上当的”。[83]25日，看到周恩来转达的苏联大使等各方的意见，强调蒋并非真要破裂，认为延安的估计有些过激等，毛泽东当即明确表示：“人家已宣布我们叛变，我们决不能再取游移态度，我们决不能再容忍，我们决不能怕破裂，否则我就要犯严重错误，因此延安命令及谈话的全部，包括文字在内是完全正确的。我们表明态度之后听凭蒋介石去处置，或者他执行我们的十二条，两党重归妥协，或者实行全面破裂。你们应向各方表示，蒋介石已将我们推到对立地位，除非蒋介石取消十七号命令及实行其他必要步骤，我们是只有和他对立一途，因为我没有别的路走”。[84]

然而，毛泽东不满归不满，莫斯科的态度仍旧不能不重视。这是因为，毛泽东对形势的严重估计，使他不能不考虑在军事上采取主动或及早准备反攻的问题。可是中共军事上，尤其是在装备和武器弹药方面，困难极大，与国民党军完全不能相比。毛泽东为此曾特别询问过指挥华北军事的彭德怀：三个月内华北能抽出多少兵力？“能集中多少有效炮兵及炮，有把握打破较坚固之碉堡否？”因为“如立即取攻势，即须调动华北兵力，而一经调动即须有决心打到四川去（非打到四川不能夺取陕甘），即须有决心同蒋介石打到底。”彭的答复显然不能令毛满意。毛随后明确告诉军事领导人说，仅军事一项，由于“我们缺乏重武器及使用武器的技术人员”，无法实现夺取西南西北几个重要省份的战略目的。而如果不能夺取西北，控制中苏西北交通枢纽，就无法取得苏联的援助。没有苏联的援助，要同时对付蒋日两个敌人，就会极其困难。正是考虑到这种情况，毛泽东相当反感苏联继续援助国民党，明确讲：“苏联如再接济重庆武器甚为不好，请要武官设法停止”，因为“蒋介石反革命是确定了的。”当然，毛泽东不能不同意苏联武官关于应当尽可能延长蒋介石抗日时间的说法，称：“苏武官延长时间的意见是对的，事实上我出兵至快在半年后，目前只打防御战。”问题是“何种时机他们可以公开援助我们”？“五月后他们有何办法援助我们夺取兰州？”“如没有飞机及攻城部队夺取兰州及甘凉肃三州是不可能的，而这一问题迟早必须解决”。[85]