学生们一连几天没有大规模游行，但李宗黄等派国民党党团员在校内组织反罢课委员会，和冲击学生自治会组织的相关集会的计划，也没有成功。学生们持续罢课，并且在校内校外继续宣传反内战要自由的主张，使李宗黄等如坐针毡，转而下决心由被动防御转入主动进攻。11月30日，被组织起来的云南省党部和省支团部职员、军官总队和第五军分校学员，以及部分特工人员，开始在昆明市区各街道，与出校宣传的学生发生冲突，并有部分党团人员进入校园强行捣毁义卖桌凳、撕毁标语，高呼“打倒共产党”之类的口号，对敢于与之争论的学生肆意殴打。12月1日，更复有大批党团人员和军官总队学员冲入云南大学、联大新校舍、联大师范学院、联大工学院、联大附中、昆华女中、南菁中学等校，见人便打，且公然投掷手榴弹，造成学生4人死亡，16人重伤的空前惨剧。
云南当局过激反应的原因
“一二·一”惨案的发生，云南省地方当局党团政军负责人李宗黄、关麟征等人的作用至为关键。问题是，他们何以要对手无寸铁的学生下此狠手呢？对此，了解一下李、关等人的理由和想法应当是十分必要的。
关麟征曾经对两位在联大担任教职的英藉教授坦率地谈到过他为什么会主张对学生采取严厉措施。他的理由如下：（一）“二十三日下午六点半延安就广播了一项声明，说这所大学将举行罢课。谁都知道这所大学是共产主义的温床。”它里面的许多学生都是共产党，就是那些讲演的教授，也是“穿着国民党外衣的共产党”。因此，25日晚上的集会肯定是共产党人早就预谋好了的。（二）共产党人不仅仅是搞集会，“省政府获悉这次集会结束时将要举行游行，横穿城区并攻打公共建筑。”学生们拿什么来攻打呢？省政府获知“学生们拥有武器”，包括炸药。“他们要把游行安排在黑夜以便使用枪支和手榴弹”。（三）学生们不仅仅反内战，他们的目的是反政府，因为“他们在号召工厂罢工，号召农民不要交税和不为政府服役”，意图破坏法纪和秩序。[14]
关麟征的这些说法，在熟悉联大学生状况和这次学潮经过的这两位教授看来，无疑带有某种妄想的性质。但经过长达4个小时的谈话，两位教授深信关是那种“讲话太多也太坦率但基本上诚实的人”。考虑到关本来就是一名职业军人，未必有处理复杂政治情报的能力，其容易把因为道听途说而引发的担心和想象当成事实，并非完全不可能。问题是，像关麟征在谈话中指称25日晚集会时首先开枪的不是他的士兵，而是个叫何聪的共产党学生，以及云南省党部向上汇报事件经过时声称：29日上午“有奸党分子五六人执毛泽东画像，乘吉普车在巫家坝公路上行驶，向行人发问，是否信仰共党领袖毛泽东先生，如不置答，即鸣枪示威”，云云，所有这种过分离奇的故事，几乎都不会在云南党政军当局的公开言论之中，也不曾出现屡屡发表不实之词的昆明《中央日报》上。关于事情的起因，李宗黄等在内部汇报中讲得很清楚，即是根据谍报人员及党团工作人员的报告，得知“联大等四大学校之奸党分子，拟于明（廿五）日召开时事讨论会，并欢迎各界参加，许自由发言，其目的为举行签字反美游行示威，要求组织联合政府等情”，决定派人操纵会场。[15]即使在公开的场合下，李宗黄的说法也不出其右。他充其量也只是提到11月23日延安无线电广播指出昆明学生对改组省政府不满，暗示会有所反应，断言联大、云大等四校学生自治会25日开时事讨论会，“意在游行肇事，以达其政治阴谋”，如此而已。[16]
正是由于只知道效忠党国与领袖的军事将领关麟征、邱清泉等人的介入，这一事件才会有如此多的军人卷入，并发生枪击和投掷手榴弹这样严重的情况。身为军人，头脑相对简单的关麟征对政治事件简单化和暴力化的处理方法，从事件开始就表现得再明显没有了。11月25日白天布置破坏学生当晚集会游行的联席会议上，他就摆出一付指挥作战的架式，声色俱厉地对与会者发令称：你们“如果今晚不能完成使命，应当自杀”。[17]次日晚上在省府召集的中等以上学校校长会上，他更是坦承25日晚士兵开枪是他下的命令。其理由霸蛮至极，即：“他们有开会自由，我就有放枪自由。”[18]然而，真到事情弄坏了，关也难免会一面自请处分，一面背地里后悔自己不该卷入到这种地方性的事情中来。他花几个小时来接见“洋人”教授，除了想要渲泻自己的困惑与不满外，更希望有人了解，他并不是12月1日惨案的策划人，现在却弄到有口难辩。他怒气冲冲地抱怨说：“无论出了什么事他们都会把罪名加给我”。而在事实上，在军队方面被推出来主持25日以后的联合行动委员会（即反罢课委员会）的，是邱清泉，并不是他。换言之，直接调派军官总队学员参预12月1日行动的不是他。[19]当然，他还是竭力想替军人解脱与辨白，故再三强调李宗黄手底下的“秘密警察”才是导致发生重大危险的根源。说所有情报都来自于这些人，而这些人又不在他的管辖之下，因此“他控制不了局势”。[20]
关麟征的报怨不是没有一点道理。在国民党的体制之下，地方党部的各级负责人员因为考绩升迁等切身利害的关系，通常比流动性较大的军人对当地出现的风吹草动，更容易反应过激。李宗黄的情况就更为特殊。他不仅是云南本地人，而且早在国民党一大时就已经做到中央执行委员，却从没有取得过实权，这使得他既相当自负，心态上又很容易失衡。再加上其性格桀敖不驯，用他的说法就是“为人刚直耿介，作风大刀阔斧”；“有永远不为恶势力低头的革命精神”。这导致他在事件中始终保持着这样一种激烈的心态：阴谋分子愈是鼓动左派学生闹事，我就愈是要同他们对着干！即使到惨案发生之后，他也依旧刚愎自用地认定：学潮的发生根本就是冲着他来的，龙云的旧势力勾结共产党意欲阻止其掌控云南。因此，他不仅毫无惋惜自责之情，而且利用各种场合渲泻不满。由此不难想见，不是军人的李，比关麟征更加强势得多。
关于李宗黄当时自认自己才是接掌云南大权的当然人选，是在他晚年的回忆录透露出来的。他在回忆中着重提到了1945年蒋介石是怎样向他许诺赶走龙云由他“回滇主政”的，为此不厌其详地交待了蒋当年就此说过的几乎每一句话。说蒋最初只给了他一个代主席，是要他暂时隐忍一时，先让龙云手下的卢汉做一段省主席，等到国军反军结束，卢汉的作用利用完了之后，再免去卢汉把他推上正位。因此，他全力以赴助蒋赶走了龙云，并一心想在云南做出成绩，等着蒋兑现许诺。因为蒋讲得很清楚，让卢做主席只是一个“过渡”，“到了相当的时间，再为伯英（按李宗黄的字）真除（按即实授本职的意思）。”[21]正因为如此，头一次充任省一级政府大员的李宗黄，非常看重自己做代主席这两个月的“政绩”。不料，卢汉12月1日上任，学生们11月25日开始公开挑战国民党中央及其一党专政。这难免会被李看成是龙云的旧势力在所谓“奸党”的支持下，想要乘此时机给他以难堪，使他颜面扫地。李为此恼羞成怒，专门选在卢汉正式就职的当天发动对学生的大规模“还击”，不仅仅是针对学潮，而且也是想要给以卢汉为代表的龙云的旧势力一个下马威，让卢汉及其所有龙云的旧势力知道，他们别想在云南还魂复辟。
为了一举将学生的气势打下去，李不仅采取了直捣学潮据点的做法，而且沿袭了国民党惯用的对付异己的中间势力雇用流氓大打出手的策略。只不过，由于初掌云南大权，李这时并无多少社会力量可以藉用，不得不调动训练有素的军官总队学员与省市县党部人员及其担任情报的特勤人员。但其逻辑是一以贯之的，还在中等以上校长联席会上他就赤裸裸地威胁道：如果学生们再不听劝阻，必要时将使用武力，不惜流血。在12月1日给参预行动的党部人员打气时说得更明白：“过去（指第一次国内大革命时期）我在昆明办党，学生们也闹事，打到门口来。当时，我手下的干事宁伯晋他们就是不怕，他们也打了出去。现在，他们又向我们进攻了，这是大家效忠党国的时机，我们要以宣传对宣传，以流血对流血，进行还击”。如何“以流血对流血”？就是吩咐省党部守大门的卫兵长，将所有枪枝上的通针和刺刀搜集拢来，交给他们藏匿身边用作打人的武器。[22]党政文职人员都被要求带上打人的家伙，由此亦可知军人们何以会有人带着手榴弹去校园了。
没有证据表明李宗黄或邱清泉曾指示部属去学校杀人，但惨案既出，人命关天，身为军人的关麟征尚且自请处分，自承失职和良心不安，李宗黄在云南学界口诛笔伐，党内亦颇多指责的情况之下，却毫无自责之意，且坚持无错可认。包括其被蒋调赴重庆之后，仍上下活动，极力辨白。他为此上书国民党中央执行委员会常委会时即明白宣称：“昆明学潮，实为共产党有计划、有步骤之政潮，凡当地腐恶势力，均因之借尸还魂，借刀杀人，一切的一切，无所不用其极。黄奉召来渝后，始知各方不察，大有众口铄金，曾参杀人之势。实令忠肝义胆勇于负责之同志，灰心短气，有冤莫白。其实此次学潮，完全为本党与共党、中央与地方、统一与分裂、革命与反革命之斗争，若将罪名责任，一律加于军政当局之身，其他毫不过问，实足以长敌人威风，灭自己正气。个人牺牲不足惜，必致为亲者所痛，仇者所快，当为我革命之中央所不愿闻。基于以上理由，拟请准予列席下周常务会议，详加报告，听凭核议，以明是非，而彰公道。”[23]
李宗黄究竟在多大程度上相信学潮的发生是共产党在主导，其实很值得怀疑。他事后和晚年曾一而再再而三地强调学潮之发生，纯因政府派卢汉来接掌云南大权所引起，使龙云旧势力必欲藉此机会赶走中央势力，“以我为人刚直耿介，作风大刀阔斧，实已妨碍他们的权位与不法利得”。故而制造学潮，激发惨案，进而“以惨案为奇货可居，作为政争工具，四出活动，百计中伤，诬指我处理学潮不当，因而发生血案”，“非逼我离开昆明不可”。[24]整个事件的实质，其实就是：“阴谋之辈，不逞之徒，以惨案为奇货可居，以学子为政争工具，竟四出活动，百计中伤，不惜颠倒黑白，甚至血口喷人，借刀杀人，极尽穷凶极恶、丧心病狂之能事”。[25]由此不难了解，李宗黄对学潮的态度之激烈，很大程度上是其刚愎自用的个性和必欲彻底打击报复学界中支持龙云的势力的强烈心态在起作用，反共更多的恐怕还是用来实施此种打击报复的一种藉口而已。
以李宗黄此种心态来处理昆明学潮，惨案自不可免。这也就难怪连蒋介石授意请来协助善后的北大代校长傅斯年在私下里对李宗黄也会痛恨至极了。傅调查后明确认为：惨案的祸首就是李宗黄，其目的根本是政争。其次则是邱清泉。是“李宗黄（代理主席）所组成之‘联合行动委员会’”“于十二月一日派大队人分五次打入联大，两次云大，其中一次有人在师范学院放炸弹，死者四人，锯去大腿者一人，还有一人可成残废，此外重轻伤十余人。”“总括说：……地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀（第五军军长），关麟征代人受过。”[26]