6月18日，邓泽如等基本拟就弹劾共产党案，在中央执行委员会第三十九次会议上，他们的初稿遇到廖仲恺的有力阻击。[24]在经过修改后，7月初他们才得以再度提交中央执行委员会。弹劾案除附上《中国社会主义青年团决议及宣言》的内容以外，还着重提出四点：（一）此次中苏交涉，共产党人不顾本党党义，竟然公开承认北京政府；（二）有共产党人以国民党员名义在本党报纸上发表文章，断言“国民革命为资产阶级不彻底之革命”，如此“本党根本未有不动摇者”；（三）比较《中国社会主义青年团决议及宣言》，李大钊在国民党“一大”关于“我们加入本党，是一个一个加入的，不是把一个团体加入的”种种保证，实乃“不忠不德，险诈不信”，“欺蒙本党总理及全国代表”；（四）“《新青年》、《向导》两刊物，对于本党之不满言论，不胜枚举。”邓泽如等一面明白表示：本委员“非反对共产党社会主义青年团之加入本党”，“非反对或排斥共产党员社会主义青年团员之加入本党为党员者之个人”，一面则突出强调共产党之党团作用、秘密行动，强调彼在暗，我在明，彼又坚持自身组织发展不能停止，结果是彼必利用“在本党中央执行委员会任重要职务”之机会，和多数由“本党派出组织党务之专员”，以及出而组织学生、青年、妇女、工人和农人各方面之工作的条件，为共产党服务。因为，“以跨党之人，同时办理两党同一之事，而其人偏重于固有之党，其结果可以想见。”[25]

弹劾案一经提出于中央执行委员会，即引起“颇多争执”。除共产党人谭平山提出质疑外，委员中其他成员对如何处理这一事件也意见不一。而谢持等把中央监委立案弹劾共产党的消息四散传播出去，更使整个事态复杂化了。因为各地国民党人对共产党的敌视情绪不可避免地被刺激起来，不满共产党人跨党的国民党人因此纷纷集会，一时间联名提交检控信和弹劾案的国民党人就有2000人之多。上海国民党人内部甚至就此发生对立和冲突，赞成“容共”政策的党员黎磊和原有共产党籍的上海《民国日报》副刊《觉悟》版主编邵力子等，竟遭群殴。不仅如此，各地上书相当部分干脆直接挑战“容共”政策，强烈要求革除共产党员之国民党党籍。面对这一严重事态，国民党中央执行委员会不能不决定召开全体会议研究整个处置办法。与此同时，为尽快平息事态，执委会还委托汪精卫和邵元冲起草宣言，以表明中央的态度。然而，由于事情的发展已经涉及“容共”根本政策，执委会内部意见自然更加分歧。反复讨论结果，用邵元冲的话来说，就是“成为一不痛不痒之文字”。[26]所谓“不痛不痒”，就是内中不仅没有直接批评共产党，反而重申了“容共”政策，批评了反对派。宣言称：数月以来，党内有人误会“已加入本党之共产派党人，其言论行动尚有分道而驰之倾向。于是反对派得籍此而肆其挑拨。同志间遂由怀疑而发生隔阂。”“为解免党内外之误会及隔阂起见，不能不再为郑重之声明，即本党既负有中国革命之使命，即有集中全国革命分子之必要，故对于规范党员，不问其平日属何派别，惟以言论行动，能否一依本党之主义政纲及党章为断。”[27]

国民党中央执行委员会的宣言，严格说是反映了孙中山这时的态度的。孙针对共产党人承认北京政府和主张外蒙自决的言论的严厉批示，并不意味着他自己的“容共”政策发生了动摇。既然了解共产党的“第三国际”背景，而这恰恰又是实行“容共”政策的重要考量之一，孙中山当然清楚共产党人绝难不受苏联政策左右，完全与国民党同步调。强调党纪，表现不满，自属必然之举，但这绝不等于他试图鼓励党内反对派来推翻自己的“容共”政策。因为，“容共”政策推行的结果，明显地在全国范围内极大地推进了国民党的组织发展，而共产党人所表现出的魄力和锐气，更非那些国民党老同志的隋性和暮气可比。何况谢持等发现之《中国社会主义青年团第二次大会议决案及宣言》，恰好证明共产党是决心与国民党合作，不愿与国民党纠纷，并且明令其成员必须努力“扩大国民党的组织于全中国”，“使全中国革命的分子集中于国民党”的。[28]这反而让孙中山感到一种安慰。与此相反，注意到党内纷争的白热化和各地反对派风起云涌，特别是张继、谢持来到广州后，中央执行委员会会议也难免发生争吵的情况，倒使孙中山感觉到进一步加强中央集权，从而摆脱那些或明或暗地反对新政策的老党员干扰的必要性。因此，在鲍罗廷的建议下，孙中山于7月11日干脆宣告设立一中央政治委员会，以辅助他来筹划大政方针和重要人事之任免。孙中山自任委员会主席，并聘鲍罗廷为高等顾问，另指派胡汉民、汪精卫、廖仲恺、谭平山（后由瞿秋白代）、伍朝枢和邵元冲为委员。在体制上，随后虽仍旧规定中央政治委员会在党务方面应对中央执行委员会负责，有关决定事后应请求追认，但政治及外交事务则明确权限归于孙中山。[29]而事实上，既然孙中山自任主席，政治委员会在党务方面的决定自然也就具有了最后决定的意义，所谓事后追认云云，不过形式而已。在中央执行委员会和监察委员会之外另设这样一个委员会，排除了这时中央执监委会议的主要参加者林森、邹鲁、邓泽如、于右任、柏文蔚、李烈钧、邓家彦，以及张继、谢持等人，清楚地反映出孙中山这时对国民党“一大”推举的中央执行委员会的职能，特别是对其中多数老党员的作用，有相当的不满。

把中央从上海移到广州，进而再把众多老党员排除在决策圈外，不仅把权力集中于拥护联俄容共的干部手中，而且引入鲍罗廷来做高等顾问，直接参予中央决策过程，这不能不让张继等人极为不安。得知孙中山要架空中央执行委员会，以中央政治委员会为党的权力中心，并准备将鲍罗廷引入决策过程。张继在7月3日举行的中央执行委员会第四十次会议上就首先发难，表示反对。张继自然不便直接反对政治委员会的设置，但他把矛头首先指向了鲍罗廷。他指出，他和谢持6月25日曾为弹劾共产党问题前往鲍罗廷寓所质询过鲍，得到的回答竟然是：“国民党已死，国民党已不成党”。“党中分派是不能免，党之中央执行委员会实际上不能做党之中心”。“加入新分子如共产党者，组织党团，可引起旧党员的竞争心，则党可复活。”“希望左派右派相争，发生一中央派作党之中心。”[30]他认为，鲍罗廷这样的人绝不应当被聘为国民党的高等顾问。对此，谭平山与张继进行了争论。汪精卫、廖仲恺都明显地站在谭平山一边。汪精卫批评张继“说了许多多余的话”，“顾问是总统任命的，对此我们无可非议。”廖仲恺并且同意说“国民党”已经死亡的话，说是因为“如果党员不努力工作，不服从党规，就意味着这个党已死亡。”而“至今还有许多组织不赞同新党章。”[31]

政治委员会的组成，以及7月3日会议上的争论结果，已经清楚地显示出邓泽如等人的弹劾案可能遭遇的命运。事实上，还在开会之前，中央政治委员会就已经决定通过“设联络部以解纠纷”。然后国民党、共产党和共产国际代表各一人，协同商议，提出方案经政治委员会报呈孙中山决定。[32]

8月19日，一届二次中央执行委员会全体会议开始讨论监察委员邓泽如、张继、谢持三人提出的弹劾案问题。张继指责共产党人不守信义，当对现在发生纠纷负其责任，进而明确主张国共两党分立为好，实际上协同工作，“名义上跨党徒滋纷扰”。覃振基于汉口执行部的纠纷和实际，同意张继的观点，但不反对“容共”，主张明确纪律，应规定“国民党员不得任意加入其他政党，凡共产党员加入本党者，应专从本党工作，不得援引本党党员重新加入共产党及为共产党征求党员”。同时应设一委员会，“凡关于第三国际与本党共产派之一切任务，均由本委员会为中心，以期共济”。[33]

在19日和20日两天的会议讨论过程中，张继、谢持、傅汝霖、丁惟汾、覃振、王法勤等均有发言。共产党人瞿秋白亦做了答辩。会议没有得出任何结论。20日举行的政治委员会，决议通过了《国民党内之共产派问题》和《中国国民党与世界革命运动之联络问题》两项草案，以为解决办法，于21日提交中央执行委员会全会讨论。对于这两项草案，除傅汝霖和张继实际持不同意见外，其他与会者均表赞成。就连中央五名监察委员之一的李石曾，这时也有信来，认为国共“两党既已合作如前，万不宜分裂于后”。因此，尽管张继言语之间颇不赞成，全会仍旧全票通过了政治委员会的提案，来作为会议最后的决议。该两决议不仅重申了“容共”政策，而且强调：“中国国民党对于加入本党之共产主义者，只问其行动是否合于国民党主义政纲，而不问其他。至于本党之外存在之中国共产党，作为非共产主义政党之国民党，对其存在及其党员之行动，殊无监督之必要。”包括对党纪的重申，决议也吸收了共产党人的意见，特别写明：所谓违反党纲章程者，系指“不愿积极从事于三民主义之革命运动，既不反对军阀及帝国主义，又不赞助劳动平民者”，而“不问其思想上属何派别”。而为解除国民党人对共产党“党团”活动的疑惑，决议则规定在中央政治委员会内设一国际联络委员会，经由孙中山任命后负责与第三国际“协商中国共产党之活动与中国国民党有关系者之联络方法”。[34]

联络委员会如何就能够解决两党之隔阂与纠纷呢？这一决定与监察委员的弹劾案又有什么样的关系呢？为了具体回答这样一些疑问，汪精卫、覃振、丁惟汾、邹鲁4人受会议委托，最后起草了《有关容纳共产分子问题之训令》。其中特别解释了全会解决这一问题的设想。训令称：监察委员提交之《中国社会主义青年团第二次大会议决案及宣言》，所以引起争议，“实不外乎党团作用之一点”。“本会讨论结果，以为党内共产派所以有党团作用之嫌疑者，由于此等印刷品其性质非属于公开，而属于秘密。既属于秘密，则无论其对于本党怀有善意，抑怀有恶意，而常易被认为恶意。”因此，“中国共产党之活动，其有关国民革命者，本党实有周知之必要”；其对于加入本党之党员之指导，“本党更不能不过问”。“倘使中国共产党关于此等决议不付之秘密，本会敢信党团作用之嫌疑必无从发生。”惟鉴于“中国共产党员对于中国共产党之关系有守秘密之必要，而中国共产党对于第三国际之关系亦有守秘密之必要。本会有见于此，故决议在中央执行委员会政治委员会内设国际联络委员会”，以便与第三国际“直接协商中国共产党之活动与本党有关系者”，同时“一方面对于中国共产党负保守其秘密之义务；一方面对于本党党员负有了解本党与中国共产党之关系之义务”。[35]

用联络委员会的方式来解决国共两党之间的纠纷，至少在反对“容共”政策的国民党人看来是异想天开。因为一个基本的原因在于，他们不仅不相信共产党，而且也不相信苏联和共产国际。既不赞成“容共”，也不赞成联俄，他们自然不会赞成通过加强与共产国际联络的办法来解决两党纠纷。对于这种情况，孙中山自己也十分明白。他在本次全会最后一次会议的讲话，就突出强调了他的这种担心。他明确表示，他不相信这次风波能够轻易地平息下去。