与上海几乎同时，李济深也在广州采取了行动。因为广州共产党机关及其受影响的团体甚多，李济深等得蒋电当天下午就做了周密部署，于当晚全面实行了突然袭击。从当夜12时起，广州工人代表会、省港罢工委员会、中华全国总工会、济难会、妇女解放协会、铜铁工会、海员工会、河南驳载工会、酒楼茶室工会，以及黄沙粤汉路、广三路、石围塘、广九路、大三路等几方面的工人纠察队，均被军队和机器工会有组织的武装工人所包围和攻击。纠察队方面虽有些微抵抗，但均被攻破，死伤工人上百名，被捕者不下千人。[49]15日，广州市公安局发布告称：此次行动，乃奉总司令训令，准中央监察委员会咨，对各地共产党首要分子实行非常紧急处置。广州政治分会同日决议：在全省肃清共产党，通告限期10天，共产分子自首免罪，并要求各机关密报共产分子。[50]但对共产党影响甚大之黄埔军校，因蒋这时尚无明令，故此时广州方面除当晚派舰监视和全体缴械外，并未立即采取捕人行动。黄埔军校教育长方鼎英亦明电蒋介石：虽由李济深处“得悉前方情况，惟处置方法未明了”。蒋16日才正式批复：“彻底清党，不可再允共产分子在校，以维党国。”[51]
显然，到这个时候，无论如何都必须要公开宣示“清党”的方针了。17日，蒋介石分别发布了“清党”布告和通电。其通电自然言之凿凿：“顷奉中国国民党中央监察委员会咨内开：经
南京国民政府和中央党部的建立及其各项声明、宣言和通缉令的发出，使“清党”行动从此披上了一件合法的外衣。其所控各地国民党人及其军政当局再也不必拐弯抹角地利用帮会势力靠“打”、“砸”、“冲”的办法，来逮捕跨党分子，和取缔共产党组织及其亲武汉的党政机关与民众团体了。而南京国民党人与武汉方面公开分裂的结果，使得以武汉中央为正统的江浙皖闽粤桂几省的左派国民党人和共产党员，瞬间失去了合法抗争的基础，只能四散离去，或转入地下。其党政及民众组织相应亦大部瓦解，甚或销声匿迹。这些情况的出现，自然也就使得前此一度频繁出现于城市街头的大规模斗殴流血事件迅速消失，以发型衣着乱捕路人的恐怖情形也相应减少。
但是，南京国民政府的成立，虽然可以为“清党”提供合法的形式和条件，避免前一阶段打乱仗所造成的极端血腥的局面，却仍旧不可能避免滥捕，特别是滥杀的情况。
按照这时发布的监察委员会咨文，可知凡因涉嫌被通缉或经党部举发而被捕者，不仅各执行“清党”的党政军部门“仍须和平待遇”，而且其命运也要“召集全体中央执行委员会共议处分”才能决定。[55]事实上，各地开始实施夺权行动的过程中，就已经普遍发生滥捕滥杀的现象了。较典型者如福州“四·三”事件。报载，当日右派举行示威大会时，“突有左派分子、新编军第二师某部代表方毅威等三人登台，力斥其非”，结果，“即有右派分子胡豚（加三点水旁）等登台，厉色声言方某等扰乱会场秩序，喝令绑下台，以待闭会后惩诫。当被逸去二人，仅剩方毅威一人，乃将其军装剥下，穿一单服，背插纸旗，上书“共产党”三字，于会散后随同游街示众。至万寿桥时，由胡豚（加三点水旁）用手枪将方毅威击毙，掷尸闽江，逐流而去。”[56]监察委员会咨文公布后，当街杀人的情况虽有改善，但各地不经审讯随意杀人的现象依旧十分普遍。这显然也与蒋介石等人的纵容和鼓励不无关联。
监察委员会的咨文原本就是蒋介石等人用来掩人耳目者，他们自然不会把咨文中“和平待遇”之类的要求当一回事。尤其是蒋介石此时军务、政务忙不胜忙，也无暇多顾。凡下属报来之案件，他向来问也不问，即信以为真。如陈继承奉命撤换第二十二师内跨党分子，其因对六十五团团长印象较好，故特别关照，后电蒋称：“六十五团长傅维钰本共产分子，经职问其态度，云绝对拥护校长，并可登声明，要否更换乞示。”蒋当即批复：“傅维钰另调工作，各营连共产分子应一律撤换可也。”新编第一师师长张与仁报称：赣州工人要求将谋杀工人领袖陈赞贤的军官曹厚清立予枪决，虽经劝止，但该工人等还是勾结市厅人员于当晚将已经被押之曹厚清拉出杀毙。蒋亦电示：“工人擅自捕杀军官曹厚清。如此横暴何堪设想！仰该师长即将该工会改组，其职员全部缉拿照律严惩，切勿延误。”[57]陈群因连日来捕得包括孙炳文等在内的一批国民党左派分子，深为厌恶，也电蒋希望枪毙。电称：“所拘叛徒此间同志多主严办，如何处置乞钧示遵行。”蒋亦毫不含糊地批复：“叛徒严惩”。[58]显而易见，蒋对杀戮习已为常，只是其处置此类事件之态度，很大程度上会受部属的态度及其报告的倾向性的影响。
因为有蒋介石的这种态度，可想而知各地主持“清党”行动的军政要员捕杀异己通常都相当放手。只要上报，均无不批。据报，福建被捕之省党部筹备处人员黄素云、林梧凤、朱铭庄、郑尚衡、郑长宣、方尔敏、陈景中、徐琛、罗扬才、林峥、金哲贞等，几审过后，连是否跨党分子都未完全弄清，就已笼而统之报为首要，结果就马上被要求名正典刑，以示儆惩。然而因该人等许多事实尚未清楚，家属及亲朋还在多方活动力保，于是福建当局不得不乘夜将人用马车拉到郊外，每人轰了一二十枪了事，事后既“无宣告罪状的文告”，亦“未知系奉何人命令执行”。[59]
而多半是因为有蒋介石凡共产党一经讯实立予正法，不必久押的指示，[60]受命在上海指挥“清党”的陈群、杨虎，则更是常常独断独行，连党部都不经过，更谈不上必要的手续和审批。以至于全面“清党”开始后，除了枪毙共产党要犯还公布消息外，枪毙一般共产党人、国民党左派人士以及其他人等，经常连消息也不发布。当时即有报道称：上海“连日深夜在特务处处决共产党人不少。预置空棺枪决后即抬埋，姓名罪状概未宣布。”这也难怪舆论界这时对上海“清党”议论纷纷，并惊呼“恐怖”了。[61]
但严格说来，在国民党各地直接参预“清党”行动的人员当中，也并非都是杀戮政策的主张者。任职于陈群手下，身为东路军前敌总指挥部政治部情报股长的李公朴即公开向报界透露说，就杀伐问题他曾专门向陈群谈到过自己的意见。按照他的观点：“吾人对于共产党之态度，［当］非若武汉方面鱼肉国民党员，动辄加以杀戮。吾人殊不愿出此残忍举动。盖吾人之所以疾首痛心者，为破坏革命工作，扰乱后方治安。故对其主要人物，先加警告，限期离开上海，前往武汉，否则逮捕之后，吾人并不认为某党某派但以破坏革命工作论罪。而对走狗式之附和人员，亦加警告，使与反动派脱离关系，否则令其离开上海。两俱不听，当亦不再客气矣。惟即逮捕之后，亦必侦查确凿，方加处置。”[62]
上海第三区第二十区分部执行委员李次山、谭毅公、黄焕升及全体党员，眼见“清党”过于血腥，也集体上书上海临时政治分会、特别党市党部、南京中央执监委联席会议、国民政府、蒋总司令等等，提出《清党建议案》，明确认为：“老子说：‘民不畏死，奈何以死畏之。’我们当革命党的人，早把死生置之度外，共产党当初是我们革命的同志，他那不怕死的精神是和我们一样，或许更进一步。我们在清党运动中，和清党成功后，决不可用过分的高压手段对付他们。叫我［他］们掉转枪头，对我们革命。”我们国民党要反对他们，只能在消灭阶级斗争上做工夫，在消灭无产阶级上做工夫。我们要叫无产阶级的人都有饭吃、有书读，都好过日子，慢慢地实现“劳工资本化”、“贫农地主化”，使他们都变成小资产阶级。只有到那个时候，阶级才能消灭。也只有消灭了阶级，他们一阶级的共产党也才能失其根据，也就不愁他们不罢手了。“这是我们反对共产党唯一的方法。”[63]