逃离广州来到武汉的共产党人韩麟符，和此时的《大公报》记者等，也都介绍过广东国民党要人之间在这个问题上的分歧。根据所介绍的情况，可以了解到，在广州“四·一五”事变当中许多被枪杀的工人，或是在抵抗中被打死，或是因为武装抵抗导致军队伤亡，被捕后被杀红了眼的军队擅自拉去白云山等隐蔽处秘密枪毙。但对捕到之人，李济深主张，此次搜捕共产党未尝非一痛心之事，故除首要者外，其他能具悔过书者，自不应过甚处置。古应芬、钱大钧、李福林、邓彦华等则主张将共党分子彻底肃清，抓来的一般均应枪毙，工农组织当一律解散。而曾养甫，特别是陈孚木等，对杀人问题则主慎重，对工农团体更是强调保护。陈孚木并且马上出面保释了十余人。[64]结果，广州“四·一五”捕人虽多，开始甄别也早。仅两三天之后，广东当局就以军政督察委员会的名义开始了这方面的工作，并且凡有相关部门或人士可以作证者，均通知到场陪审和作证。如该委员会19日即有公函给广州中山大学通知次日开审该校被捕学生，要求中大派员陪审。该校亦随即选派教授前往，并请知情的学生出席作证。[65]
然而，杀机既开，又如何会因为少数人之呼吁或一两地之稍有收敛而根本改变？南京国民党人此时为动员“清党”，三天一小会，五天一大会，各级军政官员四处讲演鼓吹，党内但能舞文弄墨者亦随之撰文宣传，以至于弄得普通国民党员群情激愤，就连国民党各团体在上海举行五四运动纪念大会，也变成了声讨异己分子的场所，甚至群起“议决通缉著名学阀章炳麟、黄炎培、沈恩孚、张君励、蒋维乔、郭任远、朱炎、胡敦复、殷芝龄、袁希涛、张东荪、阮尚介、刘海粟、沈嗣、凌鸿勋等，俾警反动而申党纪案”。就连南京中央联席会议也感觉过分，不得不申斥曰：“所称反动，并未举出何等实据，不得仅因群众一时激昂，辄予通缉”。[66]
幸而这时国民党尚未一统天下，故还有天津的《大公报》敢于发出抗议之声。其社评称：“今宁汉分裂，且已动杀，此后因军事之变迁，地方势力每一变更，即须流血寻仇报复，必无已时。……呜呼！吾人诚厌闻所谓左右国共之争，而实不能不代吾全国青年请求保障。夫不论左右国共，除其中少数奸猾野心之徒外，彼一般青年之从事其间者，宁非为救国救民来乎？纵心思幼稚，局量偏浅，手段凌杂，而指导者之过也。至不在党之学生，亦甚多矣。夫新中国之建设，终须赖全国有志青年奋斗，而非自私自利之寄生阶级所能办。则对于各方杀机之开，势不能不大声疾呼，极端抗议！”[67]
第二期“清党”及其争论
第一期“清党”，实为自3月以来各地靠打乱仗夺权之延续。南京政府成立，短期内无法整合各地各具系统的党、政、军、警各部门，对“清党”的范围、方法、要求也没有具有可操作性的文件规定，其乱象叠出，可想而知。
一方面，依靠突然袭击的办法，以夺取各地党政权力和打压共产党与左派国民党势力为主要目的“清党”行动，很快就达到了预期的目标，继续延续此种作法已不大可能；另一方面，跨党分子及其左派国民党人，并非都是活跃人物。大家都在国民党内，并且过去许多言论观点又大体相近，“如何找出谁是共产党”[68]并将其清除出去，就成了一件非常困难的事情。由大规模武力“清党”，转向群众性的，以揭发、检举兼及政治审查为主要内容的“清党”运动，就成了一个必不可免的结果。
但是，前一期的混乱和滥捕滥杀，已经造成了极大的思想冲击。很少有人不理解蒋介石及其南京国民党领导人“清党”的核心目的，是出于维护其权力地位，从而保持其对国民党的绝对掌控的一种政治需要。问题是，前一期的“清党”已经明显地暴露出一种极其危险的情况，即由于共产党人过去在基层的工作相当深入和广泛，又都是打着国民党的旗号，因此在许多地方，不仅工、农、学、妇等群众组织中的活动分子大都与共产党人走得很近。就是国民党组织中人，往往也受到共产党人的影响。“清党”行动不可避免地要殃及到这些人。而事实上，这些人中相当多数只是一些热血青年罢了，他们不仅不是共产党员，而且思想上也认同国民党的主张。过去，由于他们的存在，地方上土豪劣绅，甚至帮会势力都受到了压制。如今，“清党”清到他们头上，一些地方的豪强势力遂乘机东山再起，甚至摇身变成国民党员；那些地方帮会势力，更是因为帮助蒋介石手下夺权有功，重又开始在地方上为所欲为。
对此，广东的陈孚木就公开批评说：今天“清党”，许多人兴高采烈地同室操戈，排斥异己，不仅动辄要打杀以前与共产党接近的人，甚至“以共产党所说与我们相类似而变易了我们的政策”。要知道，为什么有那么多同志接近共产党？就是因为国民党内有人打着反共的旗号，“所做的工作，一向无非是拼命替共产党‘赶水捉鱼’”。因为，“在他们蓝色眼镜下，一切与群众接近的人物，一切理论清楚，做农工运动，反对帝国主义的人物都是共产党，不然也至少是共产党的走狗。由于这种错觉，他们简直不把这些同志认为同志，讥笑怒骂，排挤倒轧，无所不用其极。于是这些同志有为的被压迫得旁皇无主，而共产党却又乘机威逼利诱，只好将错就错，入了共产党的牢笼。”这已经是这几年最让人痛心的事情了，而他们如今还想把那些与共产党接近的人统统杀掉，把工农团体统统解散，把革命政策统统改变，试问：“如果说这些同志以前是和共产党接近的，便就可杀，那么推算上去，还怕要把孙总理拿出来鞭尸三百。这不是反动极了吗？”他们的这种做法，“试问如何不令工农运动朝气正盛的同志，绝望愤激，拂袖而走，与共产党为伍？”[69]
陈孚木的激烈批评，与广东的情况密切相关，很大程度上是指向古应芬等人的。但他所提出的问题，显然在其他地方也普遍存在，故亦为其他许多国民党人所担心。只是，一般党员看得不如其深遽，表达方式不能如其直率而已。但至少相当多的国民党人已经在发出类似的呼号了。他们强烈地要求：“凡执行清党的人员，应当认清自己的同志，不要听土豪劣绅乱指，说是某某是跨党，某某是共产党员。总之贤愚不等。在清党的时候，应当认清了才是，不可冤枉忠实同志，免得继续努力者寒心”。[70]“我们这次清党，虽然把亡党卖国共产党‘清’了出去，可是引了一般贪官污吏土豪劣绅洋行买办……‘清’了进来，这岂是我们‘清’党的本意吗？不是！不是！绝对的不是！”[71]
包括一些地方军政要员，虽然没有公开批评“清党”弊病，但也不能听任自己管区内政出多头，特务政工恣意横行，滥捕滥杀，无法无天，造成社会持续不安。[72]如制造了“四·一二”事变的白崇禧、周凤岐即联名向蒋表示了对上海“清党”现状的强烈不满，要求加以规范。其电称：“近月以来，因清党运动，往往有任意拘押人犯，迳行审判……情事。值此时期，事权混乱，物议沸腾，将何以彰德意？职等为统一事权，慎重人命计，特照戒严法组织临时军法处，请派专员秉公办理并通令淞沪军警及各团体，此后不得任意拘人。即应捕获之罪犯，其与军事有关者，亦应于廿四时以内送该军法处办理，以一事权而免物议，是否有当？”[73]
事实上，蒋介石等人这时也已经发现前一段“清党”的弊病了。
黄埔军校，自蒋下令“彻底清党，不可再允共产分子在校”之后，于
对于“清党”所造出的种种恐怖，就连再三强调“清党，就是要消灭中国共产党”的南京国民党中央政治会议主席胡汉民，也是摆首连连。他这时曾经这样形容“清党”意义之大走样。他宣称：“清党，清党，许多罪恶，借之而生。土豪劣绅，弹冠相庆，攘臂大呼曰：清党。清党把许多健全忠实的少年同志，一网而尽。绅士皆大笑。试问：他们自己不是党员，以何资格来清吾之党？真正之CP，亦振臂大呼曰：清党，清党，打倒CP分子，于是党员皆大惧，偶语有罪。CP大笑，党员大哭，国民党之基础乃大危。”[78]