有鉴于此，南京国民党人不能不考虑开展第二期“清党”，全面规范各地行为。第二期“清党”的作用，按照蒋的想法，就是要在已经打倒了共产党之后，求根本消弥之方。用他自己的话来说：“第一期之清党，为紧急处分，其时共产党徒谋叛正亟，非各地同时采用极严峻之手段无以遏抑乱萌。第二期则为根本整理，肃清共产党徒之根株，勿使复活，此必有待于缜密统一之方案。第一期清党，自打倒共产党领袖及其著名活动分子入手，此等人之罪状皆甚明显；第二期则须遍及一般跨党分子，其证据比较难得，挟嫌诬陷者易施其伎，办理稍有不慎，将增加人民之恐怖，断丧社会之元气，而党务进行亦大受其影响，此不可不注意者也。”蒋特别说明：“吾人对于跨党分子苟非捣乱谋叛具有证佐者，只须停止其党籍，限制其自由，予以警告，促其自新，无论湘鄂共产党徒仇杀国民党员如何惨暴，吾人绝不必存报复之念，效其所为，对敌人固不宜慈悲，亦不必如共产党徒之残酷也。”他并且告诫说：“若夫怀挟私怨，攘夺权利，诬人以莫须有之罪名，则尤其是非本党同志所宜出，不幸有之，则清党之结果不特将治丝益棼，且有摘瓜抱蔓之忧矣。”[79]

1927年5月5日，南京国民党中央执行委员会常务委员会及各部长第八十八次联席会议正式通过的《清党委员原则六条》，除了指定邓泽如、吴倚伧、曾养甫、何思源、段锡朋、冷欣、郑异组织中央清党委员会外，还决定要加强对党员质量的控制。不仅对所有党员都要经过三个月审查，尤其要在“清党”时期停止发展党员入党，以防不良分子乘机混入。文件第一次明确规定：“土豪劣绅贪官污吏投机分子反动分子及一切腐化恶化分子，前曾混进本党者一律清除”。[80]随即，中央清党委员会依据“原则六条”，拟定了组织大纲和“清党”条例，并经第八十九次联席会议通过。[81]紧接着，中央清党委员会先后指派了各主要省市的清党委员，制发党员审查表、党员半月工作报告表及党员登记册等，交由各省市清党委员会分发各党员照式填写，严密清查。省市以下则或停止党部活动，候命审查；或指派特派人员实地考察监督，但一律明令规定8月底清查完竣，9月30日以前将各地审查结果报告中央。[82]

在把土豪劣绅等列入清除对象的同时，南京国民党中央则公开把西山会议派引为同志，宣布：“因纯粹反共而开除党籍之同志林森、张继、谢持、居正、邹鲁、石瑛、覃振、石青阳、茅祖权、沈定一均应先行恢复党籍，俟第三次全国代表大会开会时追认。”[83]不仅如此，包括对于此前与国共两党观念上冲突甚多的国家主义派，胡汉民等亦公开宣布：“打倒国家主义派”的口号应当废止，主张对国家主义派当“包涵之，纠正之”，因“彼有何罪？”。[84]而新加入之清除对象，即所谓“土豪劣绅贪官污吏投机分子反动分子及一切腐化恶化分子”，按照中央清党委员会随后之解释，恶化分子仍是指共产党，腐化分子则是指土豪劣绅、贪官污吏等。[85]换言之，第二期“清党”，已将原本在第一期就未受到打击的西山会议派及国家主义派公开排除出打击对象，所增加者，不过更强调要打击“土豪劣绅”和“贪官污吏”而已。

那么，第二期“清党”是否着力清除过土豪劣绅和贪官污吏呢？显然没有。因为再明显不过的是，这个时候南京国民党连谁是共产党都弄不清楚，只能靠检举、揭发和有无过激言论来定性，所谓“土豪劣绅”、“贪官污吏”，更是毫无标准可循，不过便利于内讧与自残，徒增无穷纠纷而已。

如安徽郎溪县前县党部夏雨初、祁光化、韩仁举等，“清党”前办党，动用县款举办种种活动，并指乌惠南、王景周等为土豪劣绅，发动民众，将其打倒。“清党”发生后，县党部停止活动，乌惠南、王景周等遂在县府支持下，指夏、祁、韩等假办党之名，贪污挥霍县款，实属贪官污吏，不仅将祁、韩等投入监狱，通缉在逃的夏雨初，而且要夏、祁、韩等家属全额赔付。[86]

如广东南雄县县长邓惟贤，因与县党部王成章等矛盾重重，相互指责，纠纷已久。邓被迫离开南雄，受命赴赣东办理招抚事宜，王成章等即以贪污罪名控告邓畏罪潜逃，监察院亦随即下令通缉。邓不服，控告王成章为“共党”，王之同伙县教育会会长邓功伟等为土豪，南雄县党部又被停止职权。但南雄县党部亦绝不接受，发动民众举行抗议行动，又是通电，又是上书，罗列事实，为自己正名，闹得沸沸扬扬，不可开交。[87]

又如江苏东台县，党部控告缪步青侵吞公款，是为劣绅，由县拘捕。驻军二十六军一师随即出动士兵一连包围县署，从狱中将缪劫去，旋奔党部，由缪步青帐房张宝山等指示按名绑走党部特别委员蔡悔予、职员叶华、朱璧、缪楚佩四人，指为反动分子，解赴南通，且沿途拷打，并准备不日处死。东台县特派员急报南京中央联席会议，会议只能议决：请总司令转令该师师长放人，并将缪案送南京审理。[88]

由上不难看出，南京国民党人以武力夺权，原本对内对外矛盾纠葛就多，提出“土豪劣绅”、“贪官污吏”的罪名，反而便利了地方上各种势力之间，在找不到证据将仇方打成共产党的情况下，又多了种种便于将仇方置于死地的藉口。更何况，“清党”以前，原本地方上藉助于北伐军兴向当地统治阶层兴师问罪的激进青年就多，南京国民党地方或党、或政、或军，又往往是靠帮会组织乃至于地方豪强来夺取权力、维持秩序和保证田赋租税之收入的，其间的谅解通融，甚或狼狈为奸正多。不仅清除土豪劣绅之类不易为，而且凡曾有过与地方旧势力冲突之行为者，不论党员或党部，此时亦多遭不测。

正是基于地方豪强秋后算账，导致“清党”前积极投身工农运动者多遭打击报复的情况过于严重，南京国民党中央政治会议第九十九次会议于6月1日特别批准了吴稚晖、叶楚伧两委员的一项提案。该提案提出：“本党在四月十五日未清党以前，各地往往受共产党之暗示，执本党打倒土豪劣绅之标语，有出轨举动。迨清党以后，到处又绳以常法，诸多牵累，甚有不安生业之情状。此近于不教而诛。”故“凡惩办土豪劣绅之案，党人曾有自动行为，除其本人实系共产党，仍归清党机关请该管官吏办理外，其余事犯在四月十五以前概令具结保释。其未到案者免予捕拿，以安生业。”根据政治会议的书面解释，这就是说，凡在4月15日以前为打倒土豪劣绅而有出轨举动者，不论所犯结果轻重皆属无罪，即经判决亦当为无效。[89]但很显然，在地方党、政、军关系紊乱，特别是地方权力正在借着“清党”之机重洗牌的情况下，这种规定几乎是不可能奏效的。

“清党”运动之所以会诱发各种矛盾冲突，根本原因就在于它极大地刺激了各种势力之间以及人与人之间的争夺权力的欲望。

北伐战争第一次打破了旧有的地方权力格局与秩序，造成了第一波权力洗牌的情况。只是在当时条件下，情势来得过于突然，多数人尚未能够适应新的权力形式，如党部、省市县政府以及迅速介入地方权力关系之中的军队等。因此，以民众工作为己任的共产党人及其受其影响的左派国民党人便捷足先登，很容易地控制了许多地方上的权力。

随之而来的蒋介石与武汉之间的矛盾冲突，导致了第二波权力洗牌的发生。由于这一次的夺权行动采取了暴力的形式，并且被迫藉助于军队和地方旧势力，结果不仅使许多军队直接或间接地成为地方权力的受益者，而且在很多地区重新恢复了旧有的统治关系，或造成了新旧杂处，互相攻讦的内讧局面。

第二期“清党”的发动，特别是为了进行政治审查停止地方党部活动的指令，再度引发了第三波权力洗牌。这是因为前两次权力更迭积累了太多的利益冲突和恩怨纠葛，许多上台未久的地方党部都因此而受到冲击。再加上因为军事上的关系，一些地方军队发生调动，新的军队往往又会因为“清党”等种种关系，卷入到地方矛盾中来，从而形成新的纠葛。一些党部因扶助民众团体或利用前期的夺权和“清党”为所欲为，所造成的党政之间的矛盾冲突，自然也随之暴露无遗。何况，国民党省一级党与党之间，党与政之间，其实也多处在权力洗牌过程之中，领导人走马灯式的换来换去。对市县以下各种权力关系的变动的影响，当然也不可小视。[90]

南京当局并不是不了解可能出现的这种复杂情况。但是，它这时能够找到的解决问题，确保公正的办法无他，只有请担任各级清党委员者做如下之宣誓：“余等誓以至诚拥护三民主义，服从中央命令，于最短期间努力肃清共产分子、铲除土豪劣绅、贪官污吏及一切投机腐化恶化分子，以固党基”云云。[91]此种办法，自然效力甚微。因为，清党委员会除在少数城市中外，对权力洗牌斗争最为尖锐的县以下地区，只能依靠党部或相关部门，选派职员前往检查监督。其不仅不能保证这些职员会否公正不阿，且无法指望这些特派员凭藉个人的能力就能解决地方上的权力冲突问题。

关于其特派员的素质良莠不齐的情况，只要看下述一例即不难了解。

江苏睢邑县农民协会商民协会教育协会等电告南京政府称：睢邑地方土豪劣绅与贪官污吏相勾结，试图捣毁党部，被报告军警，将其重要分子捕获。徐州清党委员会委托警备司令派其副官来睢办理此案。王“始住县党部，继住天主堂，人甚奇离。自言为包黑子第二，可以断万古含冤之案。又其嗜好颇深，昼则吸食鸦片，夜则挟妓同宿。入民国以来，从未见有委员如此。且其言语甚不一致，忽言被捕之人冤枉，令其各具诉状；忽言要开市民大会，以便取决。因而反动分子又均蠢蠢欲动，讵反动派之党徒及其家属竟于十八日率领戚族仆佃来城暴动之说。吾民众日受惊惶，莫知所措。”[92]