而上级党部所派人员，无论能力如何，均无力解决地方纠纷，偶有尝试者，甚至还会遭遇牢狱之灾的情况，亦不鲜见。如江苏省特派员李亚飞赴泰兴县调查冤诉，认定公安局长陆文凤贪诈取财，为土豪劣绅；陆文凤则反诬李亚飞为共产党。结果，双方都召集民众，发表通电宣言，互不相让。最后引发两派人员冲突，造成严重流血事件，除有人被打死外，李亚飞等党部人员也被“打得一身的血”。最后两人双双被捕，并于
对各级清党委员会来说，最容易引起社会各界非议的，严格来说还不是其人员公正与否的问题，而是其几乎同样存在着滥捕滥杀的嫌疑。这是因为，虽然清党条例明文规定，缉拿人犯应通知该地军警或行政机关，[95]事实上各级清党委员会几乎都成立了专门捕人的便衣队，并自行审讯。一旦得到线索，不经侦查核实，即先行拘捕审讯。而这种审讯，更经常是采取刑讯逼供的方式。在这方面，上海特别市清党委员会虽然有着特务处滥捕滥杀招致众怒的教训，但他们的所作所为，也同样令人发指。该委员会甫一建立，就宣布所有共产党员、贪官污吏、土豪劣绅及反动恶化分子，甚至“学阀”之类，均可告发，并可代告发人保密。只要得知消息，不论真伪，即可立即配合军警前往缉拿。[96]其滥捕滥捉，且自设公堂刑讯逼供的作法，自然同样引起市民的恐惧。
有上海市民控诉称：“查上海市清党委员以清党为名，行残民之实，恃无上之威权，草芥［菅］人命，藉军警之势力，陷害无辜，听分部之偏言，遒良民于囹圄，逼招勒供滥用毒刑，公报私仇，全无证据。”“甚至指名逼招，希图诬陷，未得确证，擅行判决，致被判者究不知其罪名之何自而来。断狱之离奇，黑暗求之吾国数千年之历史中，洵无如是者。”[97]
南京当局自然也清楚前此之滥捕滥杀造成恐怖，影响国民党威望损毁太大，因而也极力设法树立一种讲求法制和公平的形象。为此，中央清党委员会成立不久就组织了中央和各省的清党审判委员会。中央清党审判委员会由总司令部军法处胡逸民牵头组织，他公开对报界说明：“溯自清党运动开始以来各处土豪劣绅均乘此机会大肆活动。凡曾努力于革命之青年，鲜不加以共产头号，以图一笔抹杀。……长此以往，国民党之元气不伤于共产党之捣乱，亦将伤于土豪劣绅之手矣。”组织清党审判委员会，就是要将种种案件“公开审理，庶使真正三民主义之信徒不致断送于清党时期中。”[98]
南京中央成立清党审判委员会，虽只能每日或隔日一审，每堂审理之人数也十分有限，但多少也还是使一些青年免受了牢狱之灾，甚或挽救了个别无辜青年的性命。问题是，这种示范对地方上其实并无多少影响。上海清党委员会行事血腥，然而由杨虎任警备司令[101]的警备司令部及其特别军法处断案处刑更不讲理。陈群、杨虎虽同为上海清党委员，却对上海党部，乃至于清党委员会也绝无商量。[102]上海特别市党部职员洪东夷及二区十六分部党员钱淳，已经清党委员会审查，认定为“本党忠实同志”，却又被人向警备司令部举发，“不幸横遭诬陷”。虽经清党委员会再三向军法处交涉，该处均置之不理。之后，很快将二人分别判处徒刑15和5年，即押入漕河泾第二监狱去执行刑期了。[103]上海交通大学学生、市党部工农部秘书张君毅，亦同样被莫名检举，遭警备司令部密捕。市党部虽一再向警备司令部交涉，请其释放，均遭拒绝，终被枪杀。且不仅罪状未宣布，就连尸身也不知去向。此事终于引起南京中央联席会议的强烈不满，以致当堂“议决：令总司令部（叙由）查张君毅为上海特别市党部职员，即有罪犯嫌疑，何致遽行枪毙，实属滥权擅杀，不顾党纪，仰该总司令严行查办并复。”[104]由此可知南京国民党之“清党”，虽有统一机构指导，政出多门的情况并无改变，清党委员会远不能左右各地的“清党”行动，甚至连它自己的人也保护不了。
上海特别军法处与特务处一样，终因过于专断，且杀戮过甚，而被蒋介石撤掉。但其残暴名声却成为南京国民党挥之不去的阴影。就连上海市党部的人员也承认：除党部人员无辜被害外，“无辜人民之遭害者更不计其数，言之至为痛心”。[105]《大公报》对此曾专门有评论批评称：“政治刑事犯而付军法，且特立机关，执行杀戮，此种制度为任何文明国家所不许，亦古来专制政体下所从无有之。惟民国后之中国耳。”“民元二年，北京有陆建章之军政执法处，恶探遍都，陷害杀人之事，不可胜记。”但“民元之军政执法处，实无法无天，而却无刑讯。故冤死虽多，而生不受辱。”不想，上海从特务处，到特别军法处，不仅嗜杀成性，而且每每刑讯逼供。以至于“平日畏恶共产党极甚者，对于上海之处置党案，莫不认为惨酷。”此诚为“南京政府数月间之第一污点”。[106]
上海毗邻南京中央，又为舆论中心，从特务处到特别军法处，乃至于清党委员会，尚且能如此残酷，远离中央和一般不在舆论视野之内的地方上，这样的情况就更是可想而知了。如温州肄业于浙江第十中学校师范部年轻党员蔡雄，曾与数十人联名呈控王超凡、戴英、林益等“朋比为奸，武断乡曲”。“适遇清党时机，王超凡以指导员名义带领谢越尘、戴英、林益等盘据温州公安局，串通局长叶林森，诬指蔡雄为共逆，提案刑讯，煨红铁链，用尽苦肉滥刑，逼令将当日联名呈控诸人牵连诬枉，希图一网打尽。由是大兴党狱，四出捕人，藉端索扰闾里不宁，甚至不电省请示，假借市民公判，竟于前月二十三夜将蔡友擅行枪决。案延一月，状尚未宣布，尸骸又不准领。”[107]类似情形，实不胜枚举。
当然，捕杀清除共产党人，无疑还是第二期“清党”的中心所在。所不同者，一期“清党”时尚有监察委员会“和平待遇”的表面文章，而二期“清党”则高举“消灭中国共产党”之大旗，再不必避讳这个“杀”字了。包括不少普通国民党人，也“老实不客气的”主张：“真正的共产党员要杀”。[108]甚至身为文人的监察委员吴稚晖，也毫不含糊地主张杀一儆百。得知陈独秀之子陈延年落网后，虽有消息称陈已“作悔过书一通”，吴依旧就专门致函杨虎要其将陈处死。函称：“如此之巨憨就逮，佩贺之至！陈延年之恃智肆恶，过于其父百倍……尤属恶中之恶。上海彼党失之，必如失一长城。故此人审判已定，必当宣布罪状，明正典刑，足以寒通国共党之胆。”[109]
南京国民党滥施杀戮来寒共党之胆的作法，其效力这时也还是受到了相当的怀疑。除众多国民党人自己闭目塞听地宣称不仅“本党内部的敌人已经肃清”，且“苏浙粤桂闽皖晋蜀诸省之共产分子，皆一律肃清”外[110]，多数中心城市以外的民众所看到的却是，共产党不仅依然存在，而且也逐渐开始以同样血腥的暴动、杀戮等红色恐怖手段，还之以颜色。
对于这种情况，一些党外之士竟早有预见。浙江永嘉县的几位82－88岁高龄的晚清举子，二期“清党”伊始就联名致函国民政府提出了这种看法。其函称：政府因治安关系，对“坏法乱纪之共党，不得不宣布罪状，明正典刑，惩其一以儆其首。此先哲所谓生道杀民，虽死不怨是也。至于各省州县之共党，未有犯法之事实发生，不得因其居中把持即与两湖党员相提并论。解散之则可，拘禁之则不可；训斥之则可，滥杀之则不可。书之歼厥魁首，胁从罔治。旧染污俗，感兴维新。诚哉是言。”“况民生主义即共产主义，先总理讲之又讲，遗书俱在，妇孺皆知，亦何怪无识少年之误入歧途也。祸有由起，情有可原。若不度理揆情，而滥用刑威，累及无辜，窃恐国党杀共党，共党亦杀国党，明杀暗杀，自相残杀，循环报复，宁有穷期？势必将双方有用之人才，同归于尽而后已。”[111]