由上述指示中不难了解，“五四指示”尽管政策温和，限制甚多，但中共中央要求各地帮助农民解决土地问题的决心却很大。其在给冀热辽分局的电报中就宣称：“减租还应进行，但只靠减租不能解决土地问题，应利用清算减租，清算负担，清算抢掠霸占，清算黑地挂地，清算劳役及其他剥削等各种方式，使地主土地大量转移到农民手中。”到了5月19日，鉴于东北争夺战的严峻形势，中共中央已明显地具有了通过解决土地问题来争取农民支持的政治意图，因而有针对性地提出：“清算运动不仅可以用来清算敌伪及汉奸土地，而且可以用清算方式解决地主阶级的土地。”[27]这意味着，中共中央认为在东北可以突破“五四指示”的规定，不分汉奸与否，向一切地主阶级取得土地分给无地少地的农民。
然而，形势必人强。5月下旬，由于四平战役失利，在与国民党的军事较量中，中共军队主力被迫退过松花江，放弃了前此占领的大片地区。为牵制国民党在关外的进攻，毛泽东在5月底开始在山东地区实施报复作战，将战火引到关内来。6月1日，中共中央第一次作出了“全国内战不可避免”的判断。[28]但真的到了“大战在即”的时刻，中共中央对要不要利用激烈的土地改革方式来动员农民的问题，却反而变得犹豫起来了。
首先，在和战问题上，毛泽东相信中共尚未做好全面战争的准备，故一方面坚持寸土必争，寸步不让，另一方面却又不希望马上开战，故再三强调：“我党基本方针应是在不丧失基本利益下实现和平”。他要求周恩来等要“竭力争取和平”。称只要蒋答应停战，就要全力争取，并且要设法“变暂时停战为长期停战”，说“长期战争于我不利。”即使蒋介石非打不可，也“必须使全国性内战爆发的时间尽可能推迟”。真打起来，也要争取议和。并表示说：“大打后，估计六个月内外时间如我军大胜，必可议和；如胜负相当，亦可能议和；如蒋军大胜，则不能议和。因此，我军必须战胜蒋军进攻，争取和平前途。”[29]
其次，在土改问题上，一方面，从战争需要和新区巩固的重要性出发，毛泽东再三指示东北局等说：“今年务必将土地问题全部或大部解决完毕。土地问题解决，兵也有了，匪也容易剿了，大城市也巩固了”，此点“至关重要”。[30]但另一方面，因为毛泽东这时的基本思想还是想和，而非想战，故他深知维护统一战线和联合中间势力的极端必要性。在这种情况下，他自然对随着“五四指示”下发的《土地政策发言要点》中的一些鼓励各地不要怕农民的平均主义，不要怕吓跑资产阶级和中间分子之类的说法，[31]感到不尽妥当。鉴于许多地方这时已经发生了过火斗争的情况和中间派人士开始发出明显的怨言，经反复斟酌后，毛泽东于6月27日以中共中央的名义正式提出：“中央正考虑由解放区发行土地公债发给地主，有代价地征收土地分配农民”，“如此可使地主不受过大损失”。[32]
尽管，中共中央内部这时多数人怀疑，战争将起，各地有无可能拿出许多钱来贷给农民，而那些贫苦农民是否有能力向政府借贷来购买地主多余的土地，是否有能力偿还公债利息等，但经过多次讨论研究后，中共中央还是很快就起草了和平土改的具体实施方案，于7月19日正式下发征求各中央局的意见。
其电报称：“为了公开宣布我们实行耕者有其田的土地政策，使农民群众自下而上的土地改革运动与各解放区政府自上而下的土地法令相互配合，以满足农民的土地要求，推进土地改革运动的规模和速度。同时为了公开宣布保障地主在土地改革后必需的生活，以缓和地主逃亡，分化地主内部，并减少民族资产阶级分子和中间人士的动摇怀疑，以巩固反对内战独裁争取和平民主的统一战线，使土地问题得到顺利的解决”，中央正在研究一种可以公布的土地政策。即准备根据孙中山的照价收买的办法，“由政府发行土地公债，交付地主地价，分十年还本。公债基金，或者由得到土地的农民担负一部分，农民每年向政府交付一定数量的地价，分为十年至二十年交清。另一部分由政府在自己的收入中调剂。或者根本不要农民出地价，由政府在整个财政税收中调剂。除公债办法外，在抗日战争期间，地主负欠农民的债务，农民亦可当作交付地价折算。”“在土地改革后地主所保留的土地及财权、人权均受政府法律保障，不得侵犯。”[33]
中共中央在这个时候提出这样一种极为温和的土改方案，无疑是与军事形势紧张，因而重新高度重视统一战线工作的态度变化有关的。中共中央这时专门给在重庆的周恩来等去电，要求他们向民盟等中间派人士解释说明：“各地农民在抗战八年中，曾三次起来要求土地，我党均用了极大的说服解释工作，推延下去。自日本投降后，各解放区广大农民起来清算汉奸恶霸，自己动手解决土地问题，我党无法和不应阻止这种群众的正当要求。”“农民起来之后，在个别地区或有过火之处，仅仅是个别地区的个别现象，这是难免的。但根据最近苏北的统计，淮海区在减租、反奸清算之后，全区现有地主一万一千零五十二户，共有土地一百三十四万二千九百五十亩，如平均计算，每户地主尚有一百二十一亩，如以每户八人计算，地主每人平均有十五亩，等于中农每人土地的五倍。太行区最近反奸清算后的统计，地主每人平均有地十三亩七分，中农每人只三亩一分地，贫农每人只二亩一分地，地主每人平均所有的土地，等于中农四倍半，等于贫农六倍半。其他各区地主保留的土地，等于中农的两倍至五倍。这些材料证明解放区农民忍受了很大的损失，来照顾地主在土地改革后必需的生活，希望民盟人士对解放区的农民土地改革运动，加以全面的具体的调查研究。”至于中共中央的政策，则准备“对一般地主土地，不采取没收办法，拟根据孙中山照价收买的精神，采取适当办法解决之，而且允许地主保留一定数额的土地。对抗战民主运动有功者，给以优待，保留比一般地主更多的土地。”[34]
毛泽东和中共中央随后也再三发出指示，要求各地必须和各界人民亲密合作，必须争取一切可能争取的人。在农村中，一方面应坚定地解决土地问题，紧紧依靠雇农、贫农，团结中农，另方面在进行解决土地问题时，应将一般富农、中小地主分子和汉奸、豪绅、恶霸分子，加以区别。对待汉奸、豪绅、恶霸要放严些，对待富农、中小地主要放宽些。“凡亲自从事耕种土地之中农及富农的土地，不问其多少，应免于征购。”[35]尤其是，为了粉碎蒋介石的进攻，“我们必须自觉的向富农让步，坚持中央不变动富农自耕土地的原则。”在土地问题已经解决的地方，应保障一切地主必需的生活条件，并“应对一切地主采取缓和态度”。[36]在一切土地问题已经解决的地方，除少数反动分子外，应对整个地主阶级改取缓和态度。对一切生活困难的地主阶级给以帮助，对逃亡地主招引其回来，给以生活出路，借以减少敌对分子，使解放区得到巩固。如此做的一个主要目的，就是要准备努力生产，使一切必需品，首先是粮食和布匹，完全自给。争取在战争全面爆发之后，使自卫战争的物质需要得到满足，同时又必须使人民负担较前减轻，使我解放区人民虽然处在战争环境，而其生活仍能有所改善。[37]